Исследование спермы (эякулята) применяется в клинической практике в основном в контексте диагностики мужского бесплодия. В последние годы удельный вес мужского фактора в бесплодном браке вырос до 50%. При анализе эякулята большое внимание уделяется стандартизации всей процедуры: от сбора биоматериала до выдачи заключения. Регулярно Всемирная Организация Здравоохранения выпускает Руководство по лабораторному исследованию эякулята (последнее 5-е издание вышло в 2010 г.), в котором излагаются пересмотренные рекомендации по изучению концентрации сперматозоидав, их подвижности, морфологии, биохимии спермы и целого ряда других показателей.
Основным видом обследования мужчин при нарушениях фертильности является традиционное светооптическе исследование спермы - спермограмма.
Помимо светооптического исследования эякулята, для оценки нарушений на молекулярном уровне используется электронная микроскопия (ЭМИС). ЭМИС позволяет выявить наличие внутриклеточного (внутри сперматозоидов) вирусного инфицирования и бактериальных микроколоний в тех случаях, когда бактерии скреплены полисахаридным матриксом и не выявляются при микробиологическом посеве.
При проведении ЭМИС производится оценка каждого сперматозоида по 45 параметрам и определяется содержание сперматозоидов с нормальным и аномальным состоянием каждого органоида. Полученные показатели сравнивают с референсными значениями, определенными у мужчин фертильной группы.